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Beaucoup de controverses ont marqué la découverte de Fernando de
Noronha. La carte de cantino, envoyée en novembre 1502 à Ercole d'Est, Duc de Ferrara,
indique déjà l'Archipel comme Ilha da Quaresma (Ile du Carême ). Cela suppose que la
connaissance de l'existence de l'île ne pourrait advenir que des expéditions qui
passaient par là en 1500,1501 ou 1502, pendant le Carême. Le Vicomte de Santarém a
attribué la découverte à Gaspar de Lemos, le commandant du vaisseau de provisions de
l'armée navale de Cabral, envoyé de retour au Portugal en 1500 avec la nouvelle que l'on
avait trouvé la terre de Santa Cruz. Le vaisseau n'a certainement pas croisé la région
pendant la période du Carême mais, après avoir border la côte brésilienne en coupant
du "pau-brasil", il aurait pu apercevoir l'archipel le 24 juin, exactement le
jour de la Saint-Jean, dont le nom aurait été prêté à l'île.
Duarte Leite, après une longue recherche , a imputé la découverte de l'île à l'expédition de 1501-1502 dont le commandement a été attribué de manière erronée à Fernão de Loronha. Pour Jaime Cartesão, historien portugais, dans les années 1502-1503 une expédition inconnue serait venue au Brésil mais dont il existe encore des vestiges. Son existence expliquerait les questions ayant rapport avec la citation de l'île sur des cartes géographiques de la période. Fernão de Loronha serait au commandement de l'expédition et lui-même initiait le défrichage de la terre qu'il avait affermée pour l'exploitation du "pau-brasil'. Pendant ce voyage, il aurait découvert Fernando de Noronha.
Les opinions divergentes à part, ce qui est sûr c'est que le premier à décrire l'île a été Américo Vespucci, en participant de l'expédition de Gonçalo Coelho (1503-1504). Par décret du 16 février 1504, D.Manuel I a donné l'Archipel à Fernão de Loronha, étant la première capitainerie héréditaire du Brésil..Le système de capitainerie ne serait introduit dans le continent qu'entre 1534 et 1536, lorsque D.João III en a crée rien moins que quatorze, au long de la côte, distribuées entre douze donataires. Les descendants de Loronha en recevaient, par décret royal, le droit de possession jusqu'au dernier, son arrière-arrière petits-fils, João Pereira Pestana, en 1692.
En 1534, l'archipel de Fernando de Noronha a été envahi par des Anglais; en 1556 jusqu'en 1612 par des Français. En 1612, le missionaire capucin Cláudio d'Abbeville arrive sur l'île et y trouve un Portugais et dix-sept indigènes des deux sexes, tous bannis par les habitants du Pernambouc.
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En 1628, Noronha a été envahi par les Hollandais, expulsés deux ans après par l'expédition commandée par Rui Calaza Borges, sous l'ordre de Mathias de Albuquerque, le 14 janvier 1630. Dans un nouvel assaut, en 1635, les Hollandais reprennent l'île , sous le commandement de l'armiral Cornelis Cornelizoon Jol, en y demeurant pendant dix-sept ans. Pendant cette période, l'île a été utilisée par les Hollandais comme lieu de traitement et convalescence de leurs hommes, à cause de maladies telles que le scorbut et la dysenterie sanguinolente, qui ont atteint un tiers des soldats stationnés au Pernambouc. L'île reçoit le nom de Pavônia ( Pavonie ) en hommage à Michel de Pauw, l'un des directeurs de la Compagnie des Indes Occidentales. En 1646, les Hollandais construisent un fortin sur l'emplacement où plus tard serait érigé le Fort de Notre-Dame des Remèdes.
En 1696, une lettre royale du 7 septembre ordonne que l'île soit peuplée et qu'une garnison soit mise en place, en choisissant les meilleurs endroits pour fortifier, afin d'éviter les continuelles invasions. Cette résolution n'a pas été respectée et le territoire atlantique est resté à la merci des envahisseurs.
Le 24 septembre 1700, la capitainerie de Fernando de Noronha retourne à la couronne, devenant, par décret royal, subordonnée à l'état de Pernambouc. Inhabitée et dans un complet abandon, l'île a été occupée, en 1736, par les Français de la Compagnie Française des Indes Orientales, recevant le nom de Isle Dauphine. En 1737, l'Archipel a été définitivement occupé par les Portugais, et les Français ont été expulsés, sans aucune résistance, par une expédition venue de Recife, sous l'ordre du gouverneur Henrique Luís Pereira Freire et commandée par le lieutenant-colonel João Lobo Lacerda, en tête d'une armée de 250 soldats. Afin d'empêcher de nouvelles attaques des Français, ont construit les forts de Notre-Dame des Remèdes, Notre-Dame de la Conception et Saint-Antoine.
Les oeuvres de construction de l'église de Notre-Dame des Remèdes, symbole de la nouvelle population, ont été achevées en 1772. Probablement, à cette époque, les premiers prisonniers ont commencé à être envoyés sur l'île, bien que de forme occasionnelle. Cette destination a déclenché des mesures préventives qui ont changé profondement l'environnement insulaire, avec la destruction d'une grande partie de sa couverture végétale, causée par l'abbatement d'arbres dans le but d'éviter que les prisonniers s'évadent et construisent des cachettes, et encore, avec l'introduction d'espèces étrangères à l'île, en produisant des changements de visible conséquence jusqu'à nos jours.
En 1739, sont construits les forts de Saint Jean Baptiste des Deux Frères et de Saint Joachim du Sud-Est. En 1755, Angola passe, par décret royal, à contribuer avec la somme annuelle de 4.000$000 pour couvrir les frais du pénitencier de Fernando de Noronha, ce qui a duré jusqu'à la veille de la proclamation de l'indépendance du Brésil. En 1789, le gouvernement portugais a eu l'intention d'installer une colonie agricole sur l'île , visant la rendre moins dispendieuse pour les coffres royaux , mais cette idée n'a pas été acceptée par D.Thomás José de Melo, qui était alors gouverneur du Pernambouc.
En 1817, à l'occasion de la révolution républicaine du Pernambouc, le gouvernement provisoire a nommé le capitaine José de Barros Falcão de Lacerda pour démanteler les fortifications de l'île et pour ramener au continent le détachement et les détenus. En 1822, le colonel Luís de Moura Accioli assume le commandement de Fernando de Noronha. L'île continue rattachée à l'état du Pernambouc, et les sujets internes de l'île deviennent de la compétence du Ministère de la Guerre. En 1865, le règlement pour le pénitencier est promulgué et son administration et son entretient deviennent de la compétence du Ministère de la Justice. En 1885, l'empereur Pierre II signe un décret qui approuve un nouveau règlement pour le pénitencier.
Avec la proclamation de la République, le Baron de Lucena, invité à être ministre de la Justice, a imposé une condition pour accepter le poste : que Fernando de Noronha redevienne domaine du Pernambouc. Ainsi donc, en 1891, la restitution de l'île a été concrétisée sous la forme du décret 1.371, daté du 14 novembre.
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En 1897, le gouvernement de état du Pernambouc prend possession définitive du pénitencier de Fernando de Noronha, qui devient prision de l'état et l'Archipel reste rattaché à l'état de Pernambouc jusqu'en 1938, lorqu'il est vendu au Ministère de la Justice, ayant le gouvernement fédéral payé, à titre de compensation, la somme de Cr$ 2.000.000,00, en transformant l'île en pénitencier publique et colonie correctionnelle
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Zepellin sur le isle - 1933
Au début du XX siècle, les anglais se sont installés sur l'île pour la coopération
technique en télégraphie South American Company ; après ce sont les Français
du Câble Français et les Italiens de l'Intalcable. En 1942,sous la Seconde Guerre,
l'île est transformée en Territoire Fédéral, et les prisonniers politiques et communs
sont transférés au pénitencier de Ilha Grande. En 1943, un décret fédéral dispose
sur l'administration de la nouvelle unité de la Fédération qui devient alors à la
charge du Ministère de la Guerre. Le 23 août de cette même année, le colonel Tristão
de Alencar Araripe assume la fonction de premier gouverneur du Territoire Fédéral de
Fernando de Noronha. L'île de Fernando de Noronha a été administrée par l'Armée de
Terre jusqu'en 1981, par l'Armée de l'Air, jusqu'en 1986 et par l' Etat Majeur des Forces
Armées jusqu'en 1987. Grande partie de son infrastructure, telle que l'aéroport, des
routes, des écoles, des hôpitaux, etc, est venue de cette période d'administration
militaire. Quelques accords entre le gouvernement brésilien et les Etats-Unis ont été
faits, de 1942 à 1945, dans le but d'installer des Américains sur l'Archipel Seconde
Guerre Mondiale et de 1957 à 1962 ( base de pistage de satellite, opérée par la
NASA ).
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En 1987, commence l'administration civile de l'île, à travers le Ministère de l'Intérieur; c'est le seul gouvernement civil qu'a connu le territoire et qui a duré jusqu'en 1988 quand, par dispositif constitutionnel, l'archipel a été rattaché à l'état du Pernambouc. Maintenant, en tant que District Départemental, l'Archipel a son avenir géré par un Administrateur Général, nommé par le Gouverneur de l'Etat et voté par referendum par la Chambre des Députés du Pernambouc.
Aujourd'hui, Fernando de Noronha vit de l'exploration rationnelle du tourisme, dans les limites imposées par son délicat écosystème, et de l'activité de la pêche, celle-ci de caractéristique artisanale et tournée vers la consommation interne. Outre l'intérêt historique mentionné précédemment, l'Archipel a été le centre d'intérêts de plusieurs scientifiques qui se sont consacrés à l'étude, entre autres choses de sa faune, sa flore, sa géologie, sa géomorphologie. L'un des premiers travaux a été publié il y a plus de 100 ans par Pocock (1890) . D'autres se sont suivis tels ceux de Bjornberg (1954) , Lopes et Alvarenga (1955), Almeida (1958), Paiva (1967),
En décembre 1995, la loi organique de l'Archipel a été promulguée et en mars 1996, ont été réalisées les premières élections pour le Conseil de District, le forum de représentativité de la communauté locale auprès du pouvoir public.
